Los investigadores que actualmente integran el núcleo básico participan en líneas de investigación en el área de la microbiología médica como:  a) Fisiología y diversidad de microorganismos de interés en salud, b) Interacciones celulares y moleculares hospedero-parásito, c) Sensibilidad y resistencia microbiana a nano materiales y otros fármacos, d) Investigación en microorganismos que afectan o generan zoonosis y enfermedades transmitidas por alimentos y e) Epidemiología de las enfermedades infecciosas. Tomando en cuenta la diversidad de las líneas de investigación de los investigadores, se proponen tres líneas de generación y aplicación del conocimiento para ser ofertadas tanto en la Maestría como en el Doctorado de Microbiología Médica:

• Epidemiología molecular, sensibilidad y resistencia microbiana de patógenos
• Investigación en microorganismos que afectan o causan zoonosis e infecciones transmitidas por alimentos.
• Fisiología y diversidad microbiana e interacciones hospedero-parasito